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产物挑选指南

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自动化下通量的单细胞差别表达剖析
品牌 Code No. 包装量 价钱 说明书 数目
Wafergen 640164 1 Rxn 询价
Wafergen 640165 3 Rxn 询价
Wafergen 640166 5 Rxn 询价
SMARTer® ICELL8® Chip and Reagent 3' DE Kit—
下通量、下品格、更经济的单细胞3’端转录组分析解决方案
· 下通量单细胞剖析:同时天生上千单细胞测序数据
· 样品灵活性下:一次实行可同时对8个差别样品停止单细胞剖析
· mRNA 3’端捕捉测序:mRNA 3’端捕捉测序差别表达剖析所需reads数更少
· 更少样品处置惩罚:主动完成文库构建前的细胞星散、选择及混样,偏向更小
· 兼容illumina平台:构建的文库支撑illumina平台测序
 
■ 产物阐明
经由过程联合Takara Bio单细胞RNA-Seq文库构建的技术优势及SMARTer ICELL8 system单细胞分选的优秀机能,SMARTer ICELL8 3’DE实行流程可以或许一次制备最多八个差别样品的illumina文库,可下通量天剖析单细胞基因表达差别。
SMARTer ICELL8 Chip and Reagent 3' DE Kit (Code No. 640164, 640165, 640166) 是配套SMARTer ICELL8 Single-Cell System(需另行购置)运用的产物。试剂盒中包罗具有5,184个微孔的Chip及cDNA分解、illumina文库构建的试剂。
Chip各孔预先固相化了Barcodes,ICELL8体系能将细胞和RT-PCR回响反映试剂注入孔中,并正在Chip上完成活的单细胞捕捉及指定孔cDNA分解。RT-PCR回响反映后,从芯片上收集混淆的cDNA产品,并纯化。基于转座酶法富集mRNA 3’端泉源的cDNA,随后经由过程PCR扩增回响反映整合入illumina index序列。
经由过程每一个微孔特异的Barcode序列,能从测序数据中回溯每一个活的单细胞泉源的数据,并可基于mRNA 3’端统计,停止差别基因表达剖析。因而,因为一次能得到上千活的单细胞3’端下品格测序数据,该试剂盒供应了高效、经济的下通量单细胞差别表达剖析解决方案。
 
图1 SMARTer ICELL8 Chip and Reagent 3' DE Kit事情流程图。
 
图2 拔取iPS细胞分化至心肌细胞历程中的四个工夫点(Day1/3/9/21),用SMARTer ICELL8 Single-Cell System停止单细胞下通量3’末尾转录组分析,共得到约1,000个活的单细胞,均匀每一个细胞凌驾120,000 reads,测得1,200个基因(最大为750,000 reads,测得4,500个基因);tSNE剖析效果能够看出差别分化阶段的细胞存在显着的基因表达差别。
 
 
参考文献
1. Gao, R. et al. Nanogrid single-nucleus RNA sequencing reveals phenotypic diversity in breast cancer. Nat. Commun. 8, 228 (2017)
2. Aarts, M. et al. Coupling shRNA screens with single-cell RNA-seq identifies a dual role for mTOR in reprogramming-induced senescence. Genes Dev. 31, 2085-2098 (2017)
3. Kim et al. Chemoresistance evolution in Triple-Negative Breast cancer delineated by single-cell sequencing, Cell(2018)
4. Goldstein, L. D. et al. Massively parallel nanowell-based single-cell gene expression profiling.BMC Genomics 18, 519 (2017)
 
 
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